Ključna razlika med polisaharidnimi in konjugiranimi cepivi je, da polisaharidna cepiva vsebujejo samo proste polisaharide kot antigene, medtem ko konjugirana cepiva vsebujejo polisaharide v kombinaciji z beljakovinsko molekulo.
Polisaharidna in konjugirana cepiva sta dve vrsti cepiv. Polisaharidna cepiva vsebujejo samo polisaharidno kapsulo kot antigen za spodbujanje imunskega odziva. Zato povzročajo zanemarljiv imunski odziv v primerjavi s konjugiranimi cepivi. Konjugirana cepiva vsebujejo polisaharide, konjugirane na imunogeni protein. Zato izzovejo močnejši imunski odziv. Poleg tega konjugirana cepiva vzpostavijo B-celični spomin in dolgotrajno imunizacijo. Trenutno so konjugirana cepiva močno nadomestila polisaharidna cepiva.
