Ključna razlika med alocimi in izocimi je v tem, da alocime kodirajo različni aleli v istem lokusu. Nasprotno pa izocime kodirajo geni na različnih mestih.
Encimi so biokatalizatorji, ki pospešujejo biokemične reakcije. Pravzaprav so beljakovinske molekule, ki jih kodirajo geni. Obstajajo različne vrste encimov. Nekatere encime kodirajo različni aleli istega gena, ki so prisotni v istem lokusu. Znani so kot alocimi. Nasprotno pa nekatere encime kodirajo različni geni, ki se nahajajo na različnih mestih. Ti encimi so znani kot izoencimi. Izocime in alocime lahko uporabimo za določanje povezave med dvema organizmoma.