Ključna razlika med endotoksinom in eksotoksinom je v tem, da je endotoksin lipopolisaharid, ki leži znotraj celične stene bakterije, medtem ko je eksotoksin protein, ki se izloča zunaj bakterijske celice.
Toksigeneza je postopek tvorbe toksinov s pomočjo patogenih bakterij. Je eden glavnih mehanizmov, ki ga bakterije uporabljajo za povzročanje bolezni. Obstajata dve vrsti bakterijskih toksinov, kot sta endotoksini in eksotoksini. Obstaja razlika med endotoksinom in eksotoksinom tako strukturno kot kemično. Poleg tega delujejo različno na žive organizme. Na splošno so endotoksini lipopolisaharidi, eksotoksini pa beljakovine.
