Ključna razlika med strukturno in funkcionalno genomiko je v tem, da je strukturna genomika preučevanje fizične narave genoma, vključno z zaporedjem in preslikavo genoma, medtem ko je funkcionalna genomika preučevanje izražanja in delovanja genoma.
Genomika je področje biologije, ki se nanaša na strukturo, organizacijo, delovanje, razvoj in preslikavo genomov živih organizmov. Vključuje tudi zaporedje genov, določanje celotnega nabora beljakovin, ki jih kodira organizem, ter delovanje genov in presnovnih poti v organizmu. Z enostavnimi besedami je genomika obsežna raziskava skupine genov. Zato se študije izvajajo na ravni genoma. Strukturna genomika in funkcionalna genomika sta dve glavni veji genomike. Strukturna genomika se osredotoča na karakterizacijo in zagotavljanje lokacije celotnemu naboru genov v genomu. Nasprotno pa se funkcionalna genomika osredotoča na funkcijo in lastnosti.
