Ključna razlika med funkcionalno skupino in substituentom je v tem, da je funkcionalna skupina aktivni del molekule, medtem ko je substituent kemična vrsta, ki lahko v molekuli nadomesti atom ali skupino atomov.
Izraza funkcionalna skupina in substituent pogosto najdemo v organski kemiji. Funkcionalna skupina je posebna vrsta substituenta, ki povzroča aktivnost molekule. To pomeni, da reakcije določene molekule določa funkcionalna skupina. Vendar pa je substituent lahko aktivna kemična vrsta ali neaktivna kemična vrsta.
