Ključna razlika med histopatologijo in citologijo je, da je histopatologija preučevanje obolelih tkiv z mikroskopom, medtem ko je citologija preučevanje posameznih celic telesa.
Celice so osnovne strukturne enote življenja. Med diagnozo bolezni v medicini patologi pregledujejo celice in celotna tkiva. Preučevanje tkiv v povezavi z boleznijo je znano kot histopatologija. V nasprotju s tem je študija ene vrste celic znana kot citologija. Zato histopatologija gleda na tkiva, citologija pa na posamezne celice.
