Ključna razlika med sintenijo in kolinearnostjo je v tem, da je sintenija fizična kolokalizacija genetskih lokusov na istem kromosomu pri vrstah, kolinearnost pa je fizična kolokalizacija genetskih lokusov na istem kromosomu pri različnih vrstah, ki ohranjajo enak vrstni red.
Sintenija in kolinearnost sta dva izraza, ki se v genomiki uporabljata zamenljivo. Oba izraza opisujeta vzorce lokalizacije genov na kromosomih pri različnih vrstah. Te povezane genske ureditve med taksoni so dragocene informacije, kadar sklepamo na skupni izvor genov. Synteny se nanaša na fizično kolokalizacijo genetskih lokusov na istem kromosomu pri vrstah. Kolinearnost se nanaša na fizično kolokalizacijo genetskih lokusov na istem kromosomu pri različnih vrstah, ki ohranjajo enak vrstni red. Zato je oblika sintezije.
