Ključna razlika med protomeri in kapsomeri je v tem, da so protomeri strukturne enote oligomernih proteinov, medtem ko so kapsomeri posamezni proteini, sestavljeni iz protomerjev, ki so strukturne podenote virusne kapside.
Virus je znotrajcelični obvezni parazit, ki je kužni delček. Kapsida je ena od dveh glavnih sestavin virusnih delcev. Je beljakovinski plašč, ki obdaja in ščiti virusni genom. Kapsid sestavljajo protomeri, ki so strukturne enote oligomernih proteinov. Kapsomera je strukturna podenota virusne kapside in je združba več protomerjev kot enota. Tako se protomeri sami sestavijo, da tvorijo kapsomere, kapsomi pa se sestavijo, da tvorijo kapsido.
