Ključna razlika med mikronukleusom in makronukleusom je v tem, da je mikronukleus manjše jedro, ki vsebuje genom zarodnih ciliarnih protozojev, medtem ko je makronukleus največje jedro, ki vsebuje somatski genom ciliarnih protozojev.
Jedrski dimorfizem je pojav, da imamo v isti celici dve različni vrsti jeder. Je posebna značilnost prisoten pri praživjah in drugih foraminiferah. Ti dve jedri sta makronukleus in mikronukleus. Vsebujejo ločene genome. Makronukleus je večji, ki nadzoruje presnovo ciliarnih praživalih, medtem ko je mikronukleus manjši, ki izvaja reproduktivne funkcije in ustvarja makronukleus.