Ključna razlika med endopeptidazo in eksopeptidazo je v tem, da endopeptidaza pretrga peptidne vezi znotraj beljakovinskih molekul, medtem ko eksopeptidaza cepi peptidne vezi na koncih beljakovinskih molekul.
Beljakovine so pomembne makromolekule, ki so bistvene za večino biokemičnih reakcij, ki se pojavljajo v vseh organizmih. Različne aminokisline se združijo in tvorijo te beljakovine. Poleg tega encimi katalizirajo hidrolizo beljakovin nazaj v aminokisline. So specifični encimi, imenovani proteaze ali peptidaze. Zato imajo sposobnost razgraditi peptidne verige proteinov na aminokisline. Poleg tega so peptidaze lahko endopeptidaze ali eksopeptidaze.
