Ključna razlika med kromatofokusiranjem in izoelektričnim fokusiranjem je, da je kromatofokusiranje vrsta kolonske kromatografske metode, ki uporablja ionsko izmenjevalne smole, izoelektrično fokusiranje pa je vrsta tehnike elektroforeze, ki uporablja imobilizirane gele z gradientom pH.
Kromatofokusiranje in izoelektrično fokusiranje sta dve tehniki, ki ločujeta beljakovine glede na njihove izoelektrične točke. Kromatofokusiranje in izoelektrično ostrenje imata veliko ločljivost. Kromatofokusiranje je metoda kolonske kromatografije z visoko ločljivostjo, izoelektrično ostrenje pa je elektroforetska metoda ločevanja. Poleg tega kromatofokusiranje ne uporablja električnega polja, medtem ko izoelektrično ostrenje potrebuje električno polje.
