Ključna razlika med opsonizacijo in nevtralizacijo je odvisna od načina izvajanja imunološkega odziva. Pri opsonizaciji se patogeni označijo, preden se uničijo, medtem ko se pri nevtralizaciji učinek patogena nevtralizira.
Imunološki odzivi so lahko prirojeni ali prilagodljivi. Patogeni imajo receptorje za prepoznavanje patogenov, ki jih gostitelj lažje prepozna. Pri opsonizaciji gostitelj proizvaja opsonine. Vendar pri nevtralizaciji gostitelj proizvaja nevtralizirajoča protitelesa, da nevtralizira učinek reakcije protitelo-antigen.
