Ključna razlika med E. coli in Pseudomonas aeruginosa je v tem, da je E. coli fakultativna anaerobna bakterijska vrsta, ki pripada družini Enterobacteriaceae in rodu Escherichia, medtem ko je P. aeruginosa aerobna bakterijska vrsta, ki spada v družino Pseudomonadadaceae in rod Pseudomonas.
E. coli in Pseudomonas aeruginosa sta gramnegativne, paličaste in gibljive bakterije. Poleg tega so kapsulirane bakterije. Toda E. coli je vrsta rodu Escherichia, P. aeruginosa pa vrsta roda Pseudomonas.