Ključna razlika med zooplanktonom in fitoplanktonom je, da je zooplankton heterotrofni nefotosintetizirajoči plankton, ki je bodisi protozoj bodisi žival, medtem ko je fitoplankton avtotrofni fotosintetični plankton, ki je bodisi diatom, cianobakterija ali alga.
Planktoni so drobni organizmi, ki živijo in plavajo v oceanih, morjih ali sladkovodnih telesih. Večina jih je mikroskopskih in so pomemben vir hrane za večje živali. Obstajata dve glavni vrsti planktonov, in sicer zooplanktoni in fitoplanktoni. Zooplanktoni so heterotrofni in vključujejo živali, ki niso sposobne fotosinteze. Po drugi strani pa je fitoplankton fotosintetični plankton, ki je avtotrofen. Poleg tega fitoplanktoni energijo shranjujejo s fotosintezo, zooplanktoni in nektoni (velike telesne živali, ki se aktivno gibljejo v vodnem stolpcu) pa se s tem hranijo. Ljudje in drugi plenilci se v veliki meri hranijo z nektonom in nekaterimi večjimi zooplanktoni. Tudi človekove dejavnosti, kot je onesnaževanje okolja, v veliki meri negativno vplivajo na ta pretok energije, ki se začne od fitoplanktona.
