Ključna razlika med Pagetovo boleznijo in ekcemom je, da je Pagetova bolezen osrednja motnja preoblikovanja kosti, ekcem pa vnetno stanje kože, za katero so značilne skupine vezikularnih lezij s spremenljivo stopnjo eksudata in luščenja.
Pagetova bolezen se pojavi zaradi mutacij nekaterih genov, kot so jedrski faktor kappa B, sekvestosom p62 in osteoprotegerin. Po drugi strani pa se ekcem pojavi kot posledica preobčutljivostnih reakcij na različne alergene. Ta razlika v patogenezi je glavna razlika med obema boleznima.
