Ključna razlika med DNA in cDNA je, da DNA vsebuje tako eksone kot introne, medtem ko cDNA vsebuje samo eksone.
DNA in cDNA sta dve vrsti nukleinskih kislin, ki sta sestavljeni iz deoksiribonukleotidov. DNA je ena najpomembnejših makromolekul živih organizmov, ki tvorijo genom. Genom vsebuje splošne genetske informacije o organizmu. Predstavlja različne vrste zaporedij, vključno z eksoni, ki kodirajo zaporedja, in introni, ki niso nekodirajoča zaporedja. Po drugi strani pa je cDNA ali komplementarna DNA druga oblika DNA, ki jo znanstveniki umetno sintetizirajo iz molekul mRNA. Ker cDNA izhaja iz predlog mRNA, ne vsebuje nekodirajočih zaporedij ali intronov.
