Ključna razlika med epistazo in pleiotropijo je v tem, da je epistaza pojav, pri katerem en gen na enem lokusu spremeni fenotipsko izražanje gena na drugem lokusu, medtem ko pleiotropija pojasnjuje pojav, pri katerem posamezen gen vpliva na več fenotipskih lastnosti.
Epistaza in pleiotropija sta dva pojava v genetiki. Epistaza se pojavi, ko več genov določa posamezen fenotip. Zato v epistazi en gen vpliva na ekspresijo drugega gena, ki se nahaja na drugem mestu. V nasprotju s tem se pleiotropija pojavi, ko en gen določa več fenotipov. Zato en gen prispeva k več značilnostim. Tako epistaza kot pleiotropija sta različici Mendelove dediščine.
