Ključna razlika med linearnimi in rotacijskimi molekularnimi motorji je predvsem v gibanju kompleksov, ki tvorijo motorični protein. Medtem ko linearni molekularni motorji kažejo enosmerno linearno gibanje med kompleksi, rotacijski molekularni motorji kažejo rotacijska gibanja okoli različnih kompleksov, ki tvorijo molekularni motor.
Molekularni motorji so pomembne biomolekule, ki sodelujejo v številnih reakcijah, zlasti povezanih s proizvodnjo energije v smislu adenozin trifosfata (ATP). Imajo osrednjo vlogo pri gibanju ali mehaničnem delu. Motorni proteini porabljajo prosto energijo hidrolize ATP ali nukleotid trifosfatov, da proizvedejo mehansko silo. Obstajata dve vrsti molekularnih motorjev, kot so linearni molekularni motorji in rotacijski molekularni motorji. Predstavljajo dva načina delovanja motorja.
