Ključna razlika med plastokinonom in plastocianinom je v tem, da je plastokinon lipofilna nosilna molekula, ki s pomočjo beljakovinskega kompleksa citokroma b6f prenaša elektrone v plastocianin. Toda plastocianin je majhen v vodi topni modro-bakreni protein, ki sprejme par elektronov iz kompleksa citokroma b 6 f in ga prenese v fotosistem I v tilakoidnem prostoru.
Fotosinteza ima dve vrsti reakcij, kot svetlobno odvisne reakcije in svetlobno neodvisne reakcije. Ti dve vrsti fotosistemov igrata pomembno vlogo pri reakcijah, odvisnih od svetlobe. So fotosistemi I in II. Fotosistemi so veliki kompleksi beljakovin in pigmentov ali molekul, ki absorbirajo svetlobo. Energijo zajemajo iz sončne svetlobe. P700 je reakcijsko središče fotosistema I, medtem ko je P680 reakcijsko središče fotosistema II. Vsak fotosistem absorbira svetlobo in s fotofosforilacijo proizvaja ATP. Proizvajajo tudi NADPH. V reakcijah, odvisnih od svetlobe, sodeluje več vrst sprejemnikov elektronov. Plastokinon in plastocianin sta dve vrsti molekul, ki sodelujeta v verigi prenosa elektronov.
