Ključna razlika med Apicomplexia in Ciliophora je v tem, da je Apicomplexia podfil praživalih in vključuje organizme z apikalnim kompleksom, medtem ko je Ciliophora še en podfil protozoj, ki vključuje organizme s cilijami.
Praživali so ena od dveh glavnih skupin, ki pripadata kraljestvu Protista. Druga skupina so alge. Protozoji so enocelične živali, kot so evkariontski organizmi. Spadajo v štiri razrede: Sarcodina (amebe), Ciliophora (ciliates), Zoomastigophora (flagellates) in Apicomplexa. Apicomplexia ima strukturo, znano kot apikalni kompleks, medtem ko imajo člani Ciliophora na tisoče trepalnic na površini organizma.
