Ključna razlika med piridinom in pirimidinom je v tem, da je struktura piridina podobna strukturi benzena z eno metilno skupino, ki jo nadomesti dušikov atom, medtem ko ima pirimidinska struktura, čeprav je preveč podobna strukturi benzena, dve metilni skupini, ki ju nadomeščata dušikova atoma.
Piridin in pirimidin sta organski spojini. Te so poimenovane kot heterociklične organske spojine, ker so ciklične strukture z dvema različnima vrstama atomov, ki tvorijo obroč. Te obročaste strukture vsebujejo ogljikove in dušikove atome.
