Ključna razlika med pozitivno in negativno ionizacijo v masni spektrometriji je, da pozitivna ionizacija tvori pozitivno nabite ione, negativna ionizacija pa negativno nabite ione.
Masena spektrometrija ali MS je tehnika v analitični kemiji, ki meri razmerje med maso in nabojem ionov. Končni rezultat te tehnike je masni spekter, ki je prikazan kot diagram intenzivnosti. Nadalje je ta ploskev narisana v odvisnosti od razmerja med maso in nabojem. Za masno spektrometrijo je instrument, ki ga uporabljamo, masni spektrometer. Ko v ta instrument vnesemo svoj vzorec, se molekule vzorcev ionizirajo. Tu je izbira ustrezne ionizacijske tehnike zelo pomembna, saj močno vpliva na končni rezultat. Če uporabimo reagentni plin, npr. Amoniak, bo to povzročilo ionizacijo molekul vzorca, da bodo nastali bodisi pozitivni ali negativni ioni, odvisno od nastavitve instrumenta.
