Ključna razlika med avksotrofi in prototrofi je v tem, da so avksotrofi mutirani mikroorganizmi, ki so izgubili sposobnost tvorjenja določene organske spojine, potrebne za njihovo rast, medtem ko so prototrofi divji mikroorganizmi, ki so sposobni proizvesti vse zahtevane organske spojine.
Mikroorganizmi kažejo različne načine prehranjevanja. Zlasti imajo bakterije različne sposobnosti. Nekatere bakterije so sposobne fotosinteze in proizvajajo lastno hrano, medtem ko nekatere bakterije živijo v simbiotičnih odnosih z gostiteljskim organizmom in pridobivajo hranila. Poleg tega nekatere bakterije razgrajujejo organske snovi in pridobivajo hranila. Auksotrofi in prototrofi so dve skupini mikroorganizmov, ki se razlikujeta glede na sposobnost tvorjenja organskih spojin za njihovo rast. Prototrofi lahko sintetizirajo vse organske spojine, potrebne za njihovo rast, medtem ko avtotrofi ne morejo proizvesti določene organske spojine, ki je zaradi mutacije bistvenega pomena za njeno rast.
