Ključna razlika med fenetiko in kladistiko je metoda razvrščanja organizmov. Phenetics razvršča organizme na podlagi morfoloških in strukturnih značilnosti, kladistika pa organizme na podlagi njihovih prednikov in evolucijskih odnosov.
Razvrščanje organizmov je pomemben proces biotske raznovrstnosti in bioloških študij. Taksonomija olajša razvrščanje različnih sistemov, hkrati pa pomaga pri združevanju in združevanju organizmov. V zvezi s tem imata fenetika in kladistika pomembno vlogo pri vzpostavljanju odnosov med organizmi.
