Ključna razlika med endocitozo in eksocitozo je v tem, da endocitoza vnaša snovi v celico, medtem ko eksocitoza prenaša snovi v zunanjost celice.
Celica ima celično membrano, ki deluje kot ovira med notranjostjo celice in zunanjim okoljem. Zato celice, ki imajo takšno membrano, potrebujejo nekakšen transportni mehanizem za povezavo z zunanjim okoljem. Na primer, celice morajo pridobiti hranila in izločati odpadke iz celice. V ta namen imajo celice štiri osnovne mehanizme prenosa: difuzijo, osmozo, aktivni transport in transport v razsutem stanju. Difuzija in osmoza sta pasivna procesa, medtem ko sta aktivni transport in transport v razsutem stanju aktivna procesa, ki porabljata energijo. Endocitoza in eksocitoza sta dve vrsti mehanizmov za prevoz razsutega tovora, ki prenašata velike delce skozi plazemsko membrano bodisi iz celice v zunanje okolje bodisi iz zunanjega okolja v celico. Oba mehanizma tvorita z membrano vezane vezikule kot prevozno sredstvo.
