Ključna razlika med endocitozo in fagocitozo je v tem, da je endocitoza postopek vnosa snovi v celico z oblikovanjem celičnih membranskih veziklov, medtem ko je fagocitoza postopek vnosa velike trdne snovi v celico z oblikovanjem fagosomov.
Endocitoza in fagocitoza sta dva transportna mehanizma, ki prenašata materiale v celico. Endokitoza je tri kategorije. Med njimi sta najpogostejši vrsti fagocitoza in pinocitoza. Poleg tega je fagocitoza oblika endocitoze. Pri obeh mehanizmih se material vnese v notranjost veziklov. Med te materiale spadajo celični ostanki, encimi, odmrle celice, patogeni, hormoni, hranila itd. Nasproten mehanizem endocitoze je eksocitoza, ki vključuje odstranjevanje materiala iz celice, zaprte v vezikle.
