Ključna razlika med bioreaktorjem in fermentorjem je vrsta biokemične reakcije, ki poteka znotraj zaprtih posod. Bioreaktor omogoča vse vrste biokemijskih reakcij, fermentor pa samo fermentacijo.
Uporaba biotehnologije v industriji je zanimivo področje znanosti. Te aplikacije se razlikujejo od mikrobnih do živalskih. Poleg tega se industrijska uporaba biotehnologije razlikuje na glavnih področjih, kot so kmetijstvo, medicina in različne industrije. Bioreaktorji so zaprte posode, v katerih so ustvarjeni potrebni pogoji za olajšanje različnih vrst biokemičnih reakcij. Fermentorji spadajo v skupino bioreaktorjev, predvsem pa je namenjen samo fermentaciji.
