Ključna razlika med apomorfijo in plesiomorfijo je v tem, da se apomorfija nanaša na značilnost, ki je značilna za klado in jo najdemo pri vseh potomcih te klade, medtem ko se plesiomorfija nanaša na značilnost, ki je prisotna v kladi, vendar morda ni vsi člani klade.
V filogenetiki je kladistika področje, ki razvršča organizme v klad ali skupine na podlagi značilnosti, ki jih podedujejo predniki. Je zelo zanesljiva oblika študija, ki pomaga analizirati evolucijske in filogenetske odnose. Za opis značilnosti vsake klade lahko uporabimo različne terminologije, kot so apomorfija, pleziomorfija, autapomorfija, sinapomorfija in homoplazija itd. Med njimi sta apomorfija in pleziomorfija relativni izrazi. V teh študijah je računalniška programska oprema zelo koristna za preučevanje značilnosti in značilnosti Apomorphy in Plesiomorphy.
