Ključna razlika med motivom in domeno je, da motiv ni neodvisno stabilen, medtem ko je domena neodvisno stabilna.
Beljakovine so pomembne biološke makromolekule, ki so prisotne v našem telesu. Po drugi strani pa bo genska koda gena odločala o aminokislinskem zaporedju beljakovin. Poleg tega imajo beljakovine primarno, sekundarno in terciarno strukturo. Primarna struktura je aminokislinsko zaporedje polipeptidne verige. Ko se polipeptidne verige zložijo med seboj, tvorijo sekundarno strukturo beljakovin. Alfa vijake, beta listi in supersekundarne strukture spadajo v sekundarne strukture. Nekatere skupine nadsekundarnih elementov so znane kot beljakovinski motivi. Terciarna struktura beljakovin se nanaša na njegovo tridimenzionalno strukturo, ki določa funkcijo beljakovin. Domena je zloženi del beljakovinske molekule, ki je kroglast in ima diskretno funkcijo. Je temeljna funkcionalna in tridimenzionalna struktura beljakovin.
