Ključna razlika - Blunt vs Sticky End Ligation
Restrikcijske endonukleaze so specifični encimi, ki režejo dvoverižno DNA (dsDNA). V molekularni biologiji so znani tudi kot molekularne škarje. Restrikcijski encimi lahko prepoznajo specifična kratka zaporedja dsDNA, znana kot mesta prepoznavanja, in cepijo fosfodiesterske in vodikove vezi, da odprejo dvojne verige. Kot rezultat cepitve s temi encimi nastanejo fragmenti DNA z različnimi vrstami koncev, kot so lepljivi in topi konci. DNA ligaza je encim, ki se v molekularni biologiji uporablja za povezovanje dveh sosednjih verig DNA z oblikovanjem novih vezi. Korak je znan kot ligacija in glede na vrsto DNK, ki je vezana na konec, se lahko imenujeta tupa končna ligacija in lepljiva končna ligacija. Ključna razlika med tupo in lepljivo končno ligacijo je v tem, da se ligacija tupega konca pojavi med fragmenti DNA, ki vsebujejo dva topa konca, medtem ko se lepljiva končna ligacija pojavi med 5 'in 3' previsi. V primerjavi s tupo končno ligacijo je lepljiva končna ligacija učinkovitejša in stabilnejša.
VSEBINA
1. Pregled in ključna razlika
2. Kaj je zveza s tupim koncem
3. Kaj je zveza z lepljivim koncem
4. Primerjava ob strani - Blunt vs Sticky End Ligation
5. Povzetek
Kaj je Blunt End Ligacija?
Nekatere restrikcijske endonukleaze lahko razrežejo DNA na nasprotnih osnovah in tvorijo fragmente tupe končne DNA. Ti encimi so znani kot topi rezalniki; odcepijo se naravnost do sredine omejevalnega mesta, ne da bi pustili enojno previsne podlage. Tupi konci so znani tudi kot nevešeni konci, saj na koncih nimajo 3 'in 5' previsnih podstavkov. Obe niti se končata z osnovnimi pari v tupih koncih. Pogosti encimi za rezanje s topim koncem so EcoRV HaeIII, AluI in SmaI.
Med dvema topima koncema je vpletena vezava s topim koncem. Ne gre za ligacijo štrlečih baz. Ta ligacija je manj učinkovita kot lepljiva končna ligacija. Vendar v nekaterih primerih postane tupa ligacija bolj ugodna od lepljive končne ligacije, zlasti kadar ligiramo izdelke PCR. Izdelki PCR se vedno proizvajajo s topimi konci. Za ligacijo s topim koncem niso potrebni komplementarni konci v DNA.
Slika 01: Tupa končna proizvodnja z encimom Eco RV
Kaj je lepljiva končna ligacija?
Nekatere restrikcijske endonukleaze lahko režejo dsDNA in na koncu pustijo previsen del enoverižne DNA. Ti konci so znani kot lepljivi ali previsni konci. Povezovanje lepljivih koncev se zgodi med dvema fragmentoma DNA, ki vsebujeta ujemajoče se previse, ker imajo lepljivi konci neparne baze in potrebujejo komplementarne baze, da tvorijo vezi. Zato je treba uporabiti isti restrikcijski encim za oba vira DNA, da dobimo ujemajoče se vezne fragmente.
Lepljenje na koncu je učinkovitejše in je pogosto zelo zaželeno v postopkih kloniranja. Obstaja več restrikcijskih encimov, ki proizvajajo lepljive konce. So EcoRI, BamHI, HindIII itd.
Slika 02: Lepljiva končna proizvodnja z encimom Eco RI
Kakšna je razlika med Blunt in Sticky End Ligation?
Diff Article Sredina pred mizo
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Med dvema fragmentoma DNA tupega konca pride do ligacije s topim koncem. | Povezovanje lepljivih koncev se pojavi med dvema ujemajočima se fragmentoma DNA z lepljivimi konci. |
| Encimi | |
| Tupi končni rezalniki tvorijo tope konce. | Lepilni končni rezalniki ustvarijo lepljive ali kohezivne konce. |
| Zahteva ujemanja koncev | |
| Ne zahteva ujemajočih se fragmentov ali komplementarnih osnov. | Zahteva komplementarne podlage na koncih, da tvorijo osnovne pare. |
| Učinkovitost | |
| Je manj učinkovita kot lepljiva končna ligacija | Je učinkovitejša kot vezava s topim koncem. |
Povzetek - Blunt vs Sticky End Ligation
Restrikcijske endonukleaze lahko cepijo dsDNA in tvorijo fragmente DNA z različnimi konci. Prepoznajo specifična zaporedja in omejijo DNA, tako da ustvarjajo lepljive in tope konce. Lepljivi konci imajo na koncu drobcev neparne podlage. Topi konci so ustvarjeni zaradi ravne cepitve in imajo na koncih osnovne pare. Lepljiva končna ligacija zahteva dva komplementarna enoverižna kosa DNA. Tupa končna ligacija se pojavi med katerima koli dvema fragmentoma tupega konca. To je razlika med tupo in lepljivo vezavo.
