Ključna razlika med QTL in GWAS je odvisna od vrste zaporedij, uporabljenih v analizi. QTL uporablja lokuse povezanih genov za analizo fenotipskih lastnosti, povezanih s poligenskim dedovanjem, medtem ko GWAS uporablja celotna zaporedja genoma za analizo enonukleotidnih polimorfizmov določenega stanja.
Zemljevidi QTL in GWAS igrajo pomembno vlogo pri genetskih analizah različnih lastnosti. Poleg tega so pomembni pri analizi različnih bolezni z neznano etiologijo. Poleg tega ima zaporedje pri obeh tehnikah ključno vlogo. Te tehnike lahko nadalje povežete z drugimi tehnikami visoke prepustnosti za večjo natančnost in natančnost.
