Ključna razlika - Exome vs Transcriptome
Gen v sebi vsebuje kodirna in nekodirajoča območja. Kodirajoča zaporedja so znana kot eksoni, nekodirajoča zaporedja pa kot introni. Nukleotidno zaporedje eksonov gena predstavlja genetsko kodo gena za sintezo specifičnega proteina. Tako eksoni ostanejo v molekuli mRNA. Celotna eksonska regija genoma je znana kot exome in je pomemben del genoma. Genetska koda genov se pretvori v genetsko kodo molekule mRNA, ki je potrebna za proizvodnjo beljakovin. Celotne molekule mRNA, prepisane v celici ali celični populaciji hkrati, so znane kot transkriptomi. Ključna razlika med eksomom in transkriptomom je v tem, da exome predstavlja zaporedja eksonskih regij genoma, medtem ko transkriptom predstavlja celotno mRNA celice ali tkiva v določenem času.
VSEBINA
1. Pregled in ključna razlika
2. Kaj je Exome
3. Kaj je Transcriptome
4. Vzporedna primerjava - Exome vs Transcriptome
5. Povzetek
Kaj je Exome?
Geni so sestavljeni iz eksonov, intronov in regulatornih zaporedij. Eksoni so genske regije, ki se med transkripcijo prepisujejo v zaporedje mRNA. Introni in druga nekodirajoča področja se med transkripcijo odstranijo. Nukleotidno zaporedje eksonov določa genetsko kodo gena, ki sintetizira specifični protein, ki ga kodira. V mRNA proteina ostanejo samo eksoni. Zbirka eksonov v genomu je znana kot eksom organizma. Predstavlja del genoma, ki se izraža v genih. Pri ljudeh je exome 1% od genoma. Je del človeškega genoma, ki kodira beljakovine.
Slika 01: Exome
Kaj je transkriptom?
Transkriptom je zbiranje vseh beljakovinskih in nekodirajočih transkriptov (RNA) v določenem tkivu. Transkriptom predstavlja zbiranje celotnih molekul mRNA, izraženih z geni v celici ali tkivu. Prepis celice lahko spreminjamo s prepisom drugega tipa celice. Tudi transkriptom je dinamičen - spreminja se s časom kot odziv na notranje in zunanje dražljaje. Tudi v istem tkivu ali znotraj iste vrste celic se transkriptom lahko spremeni po nekaj minutah.
Transkriptom se razlikuje od eksoma organizma. Transkriptom vključuje samo izražena zaporedja eksomov. Čeprav eksom celice ostaja enak, se transkriptom med celicami razlikuje, saj ekspresija genov ni enaka za vse celice ali tkiva. V različnih celicah in tkivih se izrazijo samo bistveni geni. Ekspresija genov je proces, specifičen za tkivo ali celico. Urejajo ga različni dejavniki, vključno z okoljskimi. Zato se transkriptom lahko razlikuje glede na zunanje okoljske razmere.
Transkriptom se uporablja kot predhodnik za študije proteomike. Vsi proteini izvirajo iz sekvenc mRNA. Translacijske spremembe lahko povzročijo spremembe v beljakovinah. Vendar transkriptom ponuja pomembne osnovne informacije za proteomske študije.
Slika 02: Transkript embrionalnih izvornih celic
Kakšna je razlika med Exome in Transcriptome?
Diff Article Sredina pred mizo
Exome vs Transcriptome |
|
| Exome je zbirka genov, ki kodirajo beljakovine. | Transcriptome je zbirka vse prepisane RNA, vključno z mRNA. |
| Vzorec | |
| Exome preučujemo z vzorcem DNA. | Transkriptom preučujemo z vzorcem RNA. |
| Študijska metoda | |
| Celotno zaporedje exome je metoda preučevanja exome. | Sekvenciranje RNA je metoda preučevanja transkriptoma. |
Povzetek - Exome vs Transcriptome
Eksoni so kodirajoča zaporedja genov in določajo mRNA zaporedja proteinov. Zbirka teh kodirnih zaporedij (eksonov) je znana kot eksom organizma. Geni se pred tvorbo beljakovin prepišejo v molekule mRNA. Skupne molekule mRNA celice ali tkiva v danem trenutku so znane kot transkriptomi. Transkriptom predstavlja gene, ki se v danem trenutku aktivno izrazijo v mRNA. Transkriptom je specifičen za celice in tkiva in vpliva na razmere v okolju. To je razlika med exome in transcriptome.
