Ključna razlika - zaporedje Exome in RNA
Sekvenciranje nukleinske kisline je tehnika, ki določa vrstni red nukleotidov v določenem fragmentu DNA ali RNA organizma. Zaporedje je pomembno pri prepoznavanju sestave DNA in RNA celice ter pri razlikovanju nekaterih genov, ki kodirajo funkcionalne beljakovine; tako lahko zaporedje uporabimo za razumevanje mutacij teh genov in izražanja genov. Metoda zaporedja Sanger ali naprednejše metode zaporedja naslednje generacije so metode zaporedja, ki se pogosto uporabljajo. Sekvenciranje exome je zaporedje celotnega nabora eksonov ali kodirajočih regij DNA, prisotnih v organizmu, medtem ko je sekvenciranje RNA postopek sekvenciranja ribonukleinskih kislin (RNA). To je ključna razlika med zaporedjem exome in RNA.
VSEBINA
1. Pregled in ključna razlika
2. Kaj je sekvenciranje Exome
3. Kaj je sekvenciranje RNA
4. Podobnosti med sekvenciranjem Exome in RNA
5. Vzporedna primerjava - Sekvenciranje Exome in RNA v tabelarni obliki
6. Povzetek
Kaj je zaporedje Exome?
Exome je podskupina genoma, ki jo sestavljajo kodirajoči geni določenega organizma. Kodirajoči geni so imenovani kot eksoni in se prepišejo v mRNA in nato prevedejo v aminokislinska zaporedja. Med post-transkripcijskimi modifikacijami mehanizem spajanja RNA pri evkariontih odstrani introne (nekodirajoče regije), eksoni pa ostanejo. Obstajata dve glavni tehniki, pri katerih se izvede zaporedje exome: na osnovi rešitve in na osnovi matrike.
Pri sekvenciranju eksomov na osnovi raztopine se vzorci DNA razdrobijo z uporabo restrikcijskih encimov ali mehansko in denaturirajo s toploto. Pri tej tehniki se za selektivno hibridizacijo s ciljnimi regijami v genomu uporabljajo biotinilirane oligonukleotidne sonde (vabe). Za stopnjo vezave se uporabljajo magnetne streptavidinske kroglice. Vezavi sledi korak pranja, kjer se nevezana in neciljna zaporedja izperejo. Nato se vezani cilji ojačajo s pomočjo verižne reakcije s polimerazo (PCR) in nato sekvencirajo s Sangerjevim zaporedjem ali naslednjimi generacijami.
Slika 01: Sekvenciranje exome
Metoda, ki temelji na matriki, je prav tako podobna metodi, ki temelji na rešitvi, le da se fragmenti DNA zajamejo v mikro matriko, nato sledijo koraki vezave in pranja, preden jih zaporedje zaporedje.
Sekvenciranje exome se uporablja v številnih aplikacijah, kot so genska diagnoza bolezni, genska terapija, identifikacija novih genetskih markerjev, kmetijstvo za ugotavljanje različnih koristnih agronomskih lastnosti in v postopkih vzreje rastlin.
Kaj je zaporedje RNA?
Sekvenciranje RNA temelji na transkriptomu, ki je celotni prepis celice. Ključni cilji sekvenciranja RNA so katalogizacija vseh vrst prepisa, vključno z mRNA, nekodirajočo RNA in majhno RNA, določitev transkripcijske strukture genov in kvantificiranje ravni izražanja vsakega prepisa med razvojem. Med sekvenciranjem RNA so bile za zaporedje prvotno uporabljene hibridizacijske tehnologije (ki so bile komplementarne DNA, pridobljene iz zrelih sekvenc mRNA). Trenutno se za sekvenciranje RNA uporablja natančnejša in naprednejša tehnika pretoka.
Slika 02: Zaporedje RNA
Pri sekvenciranju RNA se vzorec RNA, ki je lahko celotna RNA ali frakcionirana RNA, pretvori v svojo komplementarno DNA (cDNA) z uporabo reverzne transkripcije in pripravi knjižnico cDNA. Vsak fragment cDNA je pritrjen na adapterje na obeh straneh (zaporedje zaporedja parov) ali na eni strani (zaporedje enojnih koncev). Ta označena zaporedja so zaporedna z uporabo Sangerjevega zaporedja ali naslednje generacije, kot je zaporedje exome.
Kakšne so podobnosti med zaporedjem Exome in RNA?
- Za zaporedje Exome ali RNA se lahko uporabijo kratki izbrani fragmenti ali celoten sklop DNA / RNA.
- Zaporedni fragmenti so ohranjeni v knjižnicah.
- Lahko se uporabi zaporedje Sanger ali zaporedje naslednje generacije.
- Obe sta metodi zaporedja in vitro.
- Zaporedne fragmente je mogoče določiti s fluorescenčnimi oznakami.
Kakšna je razlika med zaporedjem exome in RNA?
Diff Article Sredina pred mizo
Exome proti zaporedju RNA |
|
| Sekvenciranje exome je zaporedje celotnega nabora eksonov ali kodirajočih regij DNA, prisotnih v organizmu. | Sekvenciranje RNA se nanaša na postopek sekvenciranja ribonukleinskih kislin (RNA); prepis. |
| Zagon vzorca | |
| Genomska DNA je začetni vzorec zaporedja exome. | RNA je začetni vzorec sekvenciranja RNA. |
| Sestava | |
| Ta vsebuje samo kodirna območja celotne DNA, znane kot Exons | Ta vsebuje RNA-mRNA / transkriptom. |
| Zaporedje | |
| Obstajata dve glavni metodi zaporedja exome; tehnologije, ki temeljijo na rešitvah in nizih. | Sekvenciranje RNA poteka s pripravo knjižnice cDNA z ekstrahiranjem celotne RNA ali fragmentirane RNA. |
Povzetek - Sekvenciranje exome proti RNA
Exome je celoten nabor kodirnih regij organizma, tehnike, ki sodelujejo pri določanju natančnega nukleotidnega reda Exome, pa so znane kot zaporedje exomov. Sekvenciranje RNA je tehnika, ki sodeluje pri določanju nukleotidnega reda RNK v organizmu. To je razlika med zaporedjem exome in RNA.
Prenesite PDF različico zaporedja Exome vs RNA
Lahko prenesete različico tega članka v obliki PDF in jo uporabite za uporabo brez povezave, kot je navedeno v opombi. Prosimo, prenesite različico PDF tukaj Razlika med zaporedjem Exome in RNA
