Ključna razlika med O in H antigenom je v tem, da je O antigen najbolj zunanji del površine, ki pokriva bakterijo, medtem ko je H antigen vitka nitasta struktura, ki je del bičkov.
Antigeni so mesta molekularnega prepoznavanja, ki so prisotna v številnih bakterijah, glivah, virusih, prašnih delcih in drugih celičnih in neceličnih delcih, ki jih lahko prepozna gostiteljski imunski sistem. Na splošno je večina antigenov prisotnih na celični površini. Strukturno so lahko antigeni beljakovine, aminokisline, lipidi, glikolipidi ali glikoproteini ali markerji nukleinske kisline. Te molekule imajo posebno sposobnost, da pri gostitelju povzročijo imunski odziv. Ta imunski odziv nastane tako, da sproži nastajanje protiteles kot ustrezen rezultat.
Antigeni se običajno uporabljajo v sistemu identifikacije serotipov za bakterije. Salmonela je bakterijski rod, ki ima veliko serotipov. Serotipi so skupine mikroorganizmov iste vrste. Te serotipe lahko ločimo s kombinacijo O antigena in H antigena. O antigen je stranska veriga LPS, medtem ko je H antigen del bičkov.
