Ključna razlika med antigensko in fazno variacijo je v tem, da je antigena variacija mehanizem, ki se nanaša na izražanje antigensko ločenih beljakovin, ogljikovih hidratov ali lipidov na njihovih površinah, medtem ko je fazna variacija visokofrekvenčno reverzibilno vklop in izklop izražanja fenotipov.
Antigenska in fazna variacija sta dve vrsti molekularnih mehanizmov, ki jih patogeni uporabljajo, da bi se izognili imunskemu odzivu gostitelja. Sorodni so si. Ti mehanizmi omogočajo mikrobom, zlasti bakterijam, da se prilagodijo več kot enemu okolju. Kot posledica faznih in antigenih variacij nastane heterogeni fenotip klonske bakterijske populacije. V tej populaciji posamezne celice izražajo fazno spremenljive beljakovine ali eno od več antigenskih oblik beljakovin. Te razlike so predvsem strategije virulence, ki jih izvajajo patogeni.
