Ključna razlika med antigenom in patogenom je v tem, da je antigen tujka, toksin ali molekula, ki lahko spodbudi imunski odziv, da bi ustvaril protitelesa proti njemu, medtem ko je patogen organizem, zlasti mikrob, ki okuži naše telo in povzroča bolezni.
Patogeni so vsi tuji organizmi, ki povzročajo bolezni pri gostiteljskih rastlinah in živalih. Antigen je molekula, ki se nahaja v celični steni bakterij ali prevleki organizmov. Antigen povzroči, da naš imunski sistem proizvaja protitelesa proti njemu in ščiti naše telo pred škodljivimi tujki.
