Ključna razlika med osnovnim parjenjem Watsona in Cricka in Hoogsteina je v tem, da je osnovno parjenje Watsona in Krika standardni način, ki opisuje tvorbo baznih parov med purini in pirimidini. Medtem je Hoogstenovo spajanje baz alternativni način oblikovanja baznih parov, pri katerem purin dobi drugačno konformacijo glede na pirimidin.
Nukleotid ima tri sestavine: dušikovo bazo, pentozni sladkor in fosfatno skupino. V strukturi DNA in RNA sodeluje pet različnih dušikovih baz in dva pentozna sladkorja. Ko ti nukleotidi tvorijo nukleotidno zaporedje, komplementarne baze, bodisi purini bodisi pirimidini, tvorijo med seboj vodikove vezi. To je znano kot osnovno seznanjanje. Zato osnovni par nastane tako, da dve dušikovi bazi povežemo z vodikovimi vezmi. Osnovno seznanjanje Watsona in Krika je klasičen ali standardni pristop, medtem ko je osnovno seznanjanje Hoogsteen alternativni način oblikovanja osnovnih parov.
