Ključna razlika med hemocianinom in hemoglobinom je v tem, da je hemocianin zunajcelični dihalni pigment, ki vsebuje baker in je prisoten v nekaterih nevretenčarjih, medtem ko je hemoglobin znotrajcelični dihalni pigment, ki vsebuje železo in je v krvi vretenčarjev.
V aerobnih organizmih pride do izmenjave plinov skozi metaloproteine, ki so prisotni v krvi. Zato sta hemocianin in hemoglobin dva metaloproteina, ki olajšata izmenjavo plinov pri nevretenčarjih oziroma vretenčarjih. Hemocianin je dihalni pigment, ki vsebuje baker in je suspendiran v hemolimfi nevretenčarjev. Nasprotno pa je hemoglobin dihalni pigment, ki vsebuje železo in je vezan na rdeče krvne celice vretenčarjev. Oksigenirana oblika hemocianina je modre barve. Toda kisikova oblika hemoglobina je svetlo rdeče barve.
