Ključna razlika med mitohondriji in kinetoplastom je, da so mitohondriji evkarontski celični organeli, ki proizvajajo energijo (ATP). Medtem je kinetoplast mreža krožne DNA, ki je prisotna v velikem mitohondriju, zlasti v praživalih iz razreda Kinetoplastea.
Eukariontske celice imajo različne vrste celičnih organelov. Ti različni organeli opravljajo različne funkcije v živi celici. Med njimi so mitohondriji ena z membrano vezanih organelov, ki jih vidimo v evkariontski celici. So organele, ki so odgovorne za proizvodnjo energije (v obliki ATP) v celicah. Zato se štejejo za moči celice. Mitohondriji imajo svoj genom, ki je krožna DNA, podedovana po materi. Kinetoplast je mreža krožne DNA, ki jo vidimo v veliki mitohondriji organizmov iz razreda Kinetoplastida. Zato so kinetoplasti vidni samo v tej evkariontski poddomeni.
