Ključna razlika med Golgijevim telesom in mitohondrijo je v funkciji, ki jo opravljajo. Glavna naloga Golgijevih teles (ali Golgijevega aparata) je spreminjanje, razvrščanje in pakiranje beljakovin za izločanje, glavna naloga mitohondrijev pa je tvorjenje energijske valute celice (ATP) z dihanjem.
Eukariontske celice vsebujejo celične organele, kot so Golgijeva telesa, mitohondriji, lizosomi, ribosomi, jedra itd. To so vitalne organele, potrebne za celične funkcije. Golgijeva telesa so del endomembranskega sistema, ki ga sestavljajo vezikule in zložene membrane, medtem ko so Mitohondrije dvojno membransko vezane organele v obliki fižola, ki jih najdemo v evkariontskih celicah.
