Ključna razlika med BLAST in FastA je, da je BLAST osnovno orodje za poravnavo, ki je na voljo na spletnem mestu Nacionalnega centra za biotehnološke informacije, FastA pa je orodje za iskanje podobnosti, ki je na voljo na spletnem mestu Evropskega inštituta za bioinformatiko.
BLAST in FastA sta dve programski opremi, ki se pogosto uporabljata za primerjavo bioloških zaporedij DNA, aminokislin, beljakovin in nukleotidov različnih vrst in iskanje njihovih podobnosti. Ti algoritmi so bili napisani ob upoštevanju hitrosti. Ker so znanstveniki sredi osemdesetih let prejšnjega stoletja v laboratoriju lahko izolirali DNK, se je pojavila potreba po primerjanju in iskanju enakih genov za nadaljnje raziskave z veliko hitrostjo. Zato sta bili ti dve programski opremi razviti tako, da lahko uporabnik hitro išče podobna zaporedja kot pri njihovih zaporedjih poizvedb.
BLAST je kratica za Basic Local Alignment Search Tool in uporablja lokalizirani pristop pri primerjavi obeh zaporedij. FastA je programska oprema, ki se nanaša na Fast A, kjer A pomeni All. Tu programska oprema deluje z abecedami, kot sta Fast A za zaporedje DNA in Fast P za beljakovine. Tako BLAST kot FastA zelo hitro primerjata katero koli bazo podatkov o genomih, zato sta denarno sposobna in prihranita čas.
