Ključna razlika med komplementacijo in rekombinacijo je v tem, da je komplementacija sposobnost dveh mutantov v kombinaciji, da obnovita normalen fenotip, medtem ko je rekombinacija izmenjava genskega materiala med kromosomi, kar ima za posledico fizične spremembe v kromosomih.
Komplementacija in rekombinacija sta dva pojma, ki ustvarjata genetsko različne organizme. Komplementacija obnovi normalni fenotip, ko se dva mutanta združita, medtem ko rekombinacija povzroči organizem s spremenjeno genetsko sestavo zaradi izmenjave genskega materiala med organizmi.
