Ključna razlika med metagenomiko in metatranskriptomiko je odvisna od vrste biomolekul, ki so jih preučevali na posameznem območju. Metagenomija preučuje DNA, njena zaporedja in njeno vedenje v organizmih, medtem ko metatranskriptomika preučuje prepisano DNA, predvsem sekvence mRNA in njeno vedenje v organizmih.
Metagenomija in metatranskriptomika sta dve področji, ki sta si v preteklih letih v primerjavi z mikrobno skupnostjo pridobili veliko popularnost. Pomembni so v zdravstvu, industriji in kmetijski biotehnologiji. Tako metagenomika kot metatranskriptomika omogočata preučevanje posameznih organizmov v skupnosti in njihovih funkcionalnih vlog, ki so koristne ali škodljive.
