Ključna razlika med protonom in elektronom je v tem, da je proton subatomski delec, ki se nahaja v jedru atoma, medtem ko so elektroni delci, ki krožijo okoli jedra.
Atomi so gradniki vseh obstoječih snovi. Atom vsebuje jedro, ki ima protone in nevtrone. Elektroni krožijo okoli jedra v orbitalah. Poleg tega so v jedru še drugi majhni subatomski delci. Večina prostora v atomu je prazna. Privlačne sile med pozitivno nabitim jedrom (pozitivni naboj zaradi protonov) in negativno nabitimi elektroni ohranjajo obliko atoma.