Ključna razlika med embrionalnimi in somatskimi matičnimi celicami je, da so embrionalne matične celice pluripotentne nediferencirane celice z embrionalnim poreklom, somatske matične celice pa so multipotentne nediferencirane celice tkivnega in organskega izvora.
Matične celice so nediferencirane celice, ki lahko prerastejo v prava tkiva ali organe. Na splošno obstajata dve glavni vrsti matičnih celic, kot so zarodne matične celice in matične celice odraslih (somatske matične celice). V primeru diferenciacije se lahko zarodne izvorne celice diferencirajo v katero koli vrsto celic. Nasprotno pa se lahko somatske matične celice razlikujejo le v več tkiv specifičnih celic. Zato so embrionalne matične celice pluripotentne, somatske matične celice pa multipotentne. Z enostavnimi besedami je sposobnost diferenciacije v embrionalnih izvornih celicah visoka v primerjavi s somatskimi matičnimi celicami.