Ključna razlika med kromatinom in kromosomi je v tem, da je kromatin razpletena in razgrnjena DNA, ki obstaja kot kompleks beljakovin DNA in histonov, medtem ko kromosomi vsebujejo najvišjo zgoščeno strukturo dvojne vijačnice DNA za pravilno ločitev genskega materiala med hčerinskimi celicami.
Kromatin in kromosom sta dve kategoriji struktur dvojne vijačnice DNA, ki sta prisotni v različnih fazah celice. Nujno je, da v evkariontsko jedro zapakiramo celotno DNK, ki shranjuje genetske informacije o celici. Zato je kromatin običajna oblika zapakirane DNA znotraj celice. Po drugi strani pa so kromosomi najpomembnejše strukture v celici med delitvijo celic in vsebujejo genski material v obliki DNK. To je zato, ker so odgovorni za prenos dednih informacij iz ene generacije v drugo. Obstajata dve vrsti kromosomov kot avtosomi in spolni kromosomi. Spolni kromosomi so pomembni pri določanju spola, medtem ko avtosomi določajo druge značilnosti. Na splošno se kromosomi pojavijo med metafazo celične delitve.
