Ključna razlika med CDS in cDNA je, da je CDS ali kodirajoče zaporedje del prepisa, ki se dejansko prevede v protein, medtem ko je zaporedje cDNA zaporedje DNA, pridobljeno iz mRNA z reverzno transkripcijo.
Gen je nukleotidno zaporedje, ki kodira protein. Sestavljen je iz različnih regij, kot so promotorska regija, mesto iniciacije transkripcije, eksoni, začetni kodon, introni in stop kodon. Zato ima gen tako kodirna kot nekodirajoča zaporedja. Kodirajoča zaporedja ali CDS se nanašajo na eksone in dva kodona, ki sta začetni in zaustavni kodon. Zaporedje je tisto, ki se dejansko prevede v beljakovino. Nasprotno pa je cDNA zaporedje DNA, pridobljeno iz mRNA z reverzno transkripcijo.
