Ključna razlika - cDNA vs genomska knjižnica
Obstajata dve glavni vrsti DNK knjižnic, ki so jih zgradili znanstveniki s tehnikami genskega inženiringa. To sta knjižnica cDNA in Genomska knjižnica. Ključna razlika med cDNA in genomsko knjižnico je v tem, da knjižnica cDNA vsebuje klonirano komplementarno DNA celotne mRNA organizma, medtem ko knjižnica genomske DNA vsebuje klonirane fragmente celotnega genoma organizma. Knjižnica genomske DNA je večja od knjižnice cDNA.
VSEBINA
1. Pregled in ključna razlika
2. Kaj je knjižnica cDNA
3. Kaj je genomska knjižnica
4. Vzporedna primerjava - cDNA v primerjavi z genomsko knjižnico
5. Povzetek
Kaj je genomska knjižnica?
Knjižnica genomske DNA je zbirka klonov, ki vsebujejo fragmente celotne genomske DNA organizma. Vsebuje celotno genomsko DNA tega organizma, vključno s kodirnimi in nekodirajočimi sekvencami. Konstrukcija genomske knjižnice se izvaja s tehnologijo rekombinantne DNA, ki ji sledi kloniranje (genski inženiring). Konstrukcija vključuje različne korake, kot je prikazano na sliki 01. Postopek se začne z izolacijo genomske DNA. Z uporabo ustreznega protokola ekstrakcije DNA je treba izolirati celotno genomsko DNA organizma. Nato je treba DNK pretvoriti v obvladljive velikosti ali v posebne fragmente z restrikcijskimi endonukleazami (encimi za rezanje DNA). Razdrobljeno DNA je treba vstaviti v vektorje z uporabo DNA ligaz (encimi, ki se pridružujejo DNA). Vektor je samorazmnoževalni organizem. Plazmidi in bakteriofagi so pogosto uporabljeni vektorji v tehnologiji rekombinantne DNA. Ti vezni vektorji so znani kot rekombinantne molekule DNA, saj nosijo tako lastno kot vstavljeno zaporedje DNA. Rekombinantni vektorji so dodani gostiteljski bakteriji in narejeni tako, da prevzamejo rekombinantne vektorje znotraj bakterijske celice. Bakterije z rekombinantnimi vektorji (plazmidi) je treba gojiti v gojišču. Med razmnoževanjem bakterij DNK bakterij skupaj z rekombinantnimi plazmidi replicira njihove genome in tvori klone. Ti kloni vsebujejo celoten genom izvornega organizma. Zato se imenuje genomska knjižnica. Plazmide je mogoče zlahka ločiti od bakterijske kromosomske DNA, da bi ustvarili genomsko knjižnico tega organizma. Če določen organizem vsebuje zainteresirane gene,v genomski knjižnici ga je enostavno zaznati s hibridizacijo z uporabo molekularnih sond (markerjev).
Genomske knjižnice so pomembne za preučevanje genomske strukture in funkcije, specifičnih genov, lokacije genov, preslikave genov, mutacij, zaporedja genov, identifikacije novih terapevtskih genov itd.
Slika_1: Konstrukcija genomske knjižnice
Kaj je knjižnica cDNA?
Knjižnica cDNA je zbirka klonov komplementarne DNA (cDNA), sintetiziranih iz celotne mRNA organizma. Postopek gradnje vključuje različne korake. Prvi korak je čiščenje celotne mRNA iz organizma. Izolirana mRNA se pretvori v verige cDNA s postopkom, imenovanim reverzna transkripcija. Reverzno transkripcijo olajša encim, imenovan reverzna transkriptaza. Uporablja majhen 3 'primer in sproži sintezo prve verige cDNA, ki dopolnjuje verigo mRNA predloge. Nastala dvoverižna cDNA se pretvori v manjše fragmente z uporabo restrikcijskih endonukleaz in vstavi v ustrezne vektorje. Te konstruirane rekombinantne molekule nato dodamo v gostiteljski organizem in gojimo v gojišču, da dobimo klone. Zbirka klonov, ki vsebuje fragmente cDNA organizma, je znana kot knjižnica cDNA. Popolnoma narezana zrela mRNA ne vsebuje intronov in regulatornih regij. Zato nekodirajoči fragmenti niso prisotni v knjižnicah cDNA, za razliko od genomske knjižnice.
Knjižnice cDNA so pomembne za analizo kodirnih regij, genskih funkcij, izražanja genov itd.
Slika_2: Izdelava knjižnice cDNA
Kakšna je razlika med cDNA in Genomic Library?
Diff Article Sredina pred mizo
cDNA vs Genomska knjižnica |
|
| Knjižnica cDNA je zbirka klonov, ki nosijo komplementarno DNA z mRNA organizma | Genomska knjižnica je zbirka klonov, ki nosijo celotno genomsko DNA organizma. |
| Kodiranje vs nekodiranje zaporedja | |
| knjižnica cDNA vsebuje samo kodna zaporedja; ne vsebuje intronov. | Genomska knjižnica je sestavljena iz celotne genomske DNA, vključno z nekodirajočo (intronsko in regulacijsko) DNA. |
| Velikost | |
| knjižnica cDNA je majhna. | Genomska knjižnica je velika. |
| Začetni material | |
| Izhodiščna snov je mRNA | Izhodiščna snov je DNA. |
| Vključitev povratne transkripcije. | |
| Povratna transkripcija se zgodi pri sintezi prve verige cDNA. | Povratna transkripcija se ne zgodi. |
Povzetek - cDNA in Genomic Library
Genomska knjižnica predstavlja populacijo klonov, ki nosi razdrobljeno celotno genomsko DNA organizma. knjižnica cDNA predstavlja populacijo klonov, ki nosijo komplementarno DNA celotne mRNA organizma. Klon cDNA vsebuje samo sekvence, ki jih najdemo v mRNA, medtem ko genomski klon vsebuje sekvence celotnega genoma. To je razlika med cDNA in genomsko knjižnico.
