Ključna razlika med prokariontskim in evkariontskim genomom je v tem, da je prokariontski genom prisoten v citoplazmi, medtem ko je evkariontski genom omejen znotraj jedra.
Genom se nanaša na celotno zbirko DNA organizma. Z drugimi besedami, genom je genski material organizma, ki vsebuje celotne genske informacije. Večina organizma ima genom iz DNK. Vendar nekateri genomi temeljijo na RNA. Kot primer imajo nekateri virusi genomi RNA. Pri obravnavi celotnega genskega materiala organizma ne vključuje le genov ali kodnih zaporedij. Vključuje tako gene kot nekodirajoča zaporedja DNA.
Ker so genske informacije znotraj genoma v obliki genov, se geni prepišejo in prevedejo, da tvorijo beljakovine. Obstaja razlika med procesi izražanja prokariontskega in evkariontskega genoma. Poleg tega sta shranjevanje in razmnoževanje obeh genoma različna tudi med prokarionti in evkarionti. Toda struktura DNK ostaja enaka (Double Helix) v obeh organizmih. Glavna razlika med prokariontskim in evkariontskim genomom je v celični organizaciji organizmov in tam, kjer genom prebiva.
