Ključna razlika med evkariontskimi in prokariontskimi organizmi je v tem, da imajo evkariontski organizmi pravo jedro in z membrano vezane organele, medtem ko prokariontskim organizmom manjka jedro in membranski organeli.
Vsi živi organizmi spadajo v dve kategoriji, in sicer prokarionti ali evkarionti. Prokariontski organizmi kažejo preprosto celično organizacijo, evkariontski organizmi pa kompleksno celično organizacijo. Poleg tega so prokarionti enocelični in jim manjka jedro in z membrano vezani organeli. Po drugi strani pa so evkarionti navadno večcelični in vsebujejo pravo jedro in z membrano vezane organele, kot so kloroplasti, mitohondriji in endoplazemski retikulum itd. Prokarionti vključujejo bakterije in arheje, evkarionti pa protiste, glive, rastline in živali. Razen zgoraj omenjenih razlik je med prokarionti in evkarionti več razlik. Zato je razumevanje razlik med prokariontskimi in evkariontskimi organizmi zelo pomembno. Cilj tega članka je razpravljati o razliki med evkariontskimi in prokariontskimi organizmi.